Если не планируется покупка L3 коммутатора, то да, трафик между VLAN-ами пойдет через микротик.
Что бы минимизировать трафик между вланами, в отдельные вланы стоит выносить то, что не общается между собой.
Например СКУД и видеонаблюдение и телефония.
Телефония и пользователи иногда не общаются, но не во всех системах.
Соответственно, не стоит выносить терминалы и сервера в отдельный влан от пользователей.