Здравствуйте, Андрей.

В ISPmanager Lite нет возможности ограничить пользователя по этим параметрам. Только в версии ISPmanager Business данная возможность есть

Здравствуйте.

Если у вас ISPmanager Lite, то с версии 5.68 в панели есть возможность устанавливать альтернативные версии MySQL. Подробнее в документации.

Если же речь о версии ISPmanager Business, то пока, к сожалению, версию MySQL не поменять никак. Планируем добавить альт версии в конце 2 квартала, ориентировочно.

Здравствуйте. Единственный вариант, удалить через стандартный менеджер пакетов вашей системы.
Для Centos, например, посмотреть список пакетов можно так
rpm -qa | grep ispmanager

Удалить пакет можно так
yum remove имяпакета