Если у вас ISPmanager 5 Business, то настраивается это для конкретного пользователя в разделе Пользователи - Количество отправляемых писем с каждого почтового ящика пользователя в час.
Если используете 5Lite версию, то вариант только вручную на сервере в конфиге почтового сервера прописывать
set acl_c8 = ${lookup{$acl_c9}lsearch*{/etc/exim/ratelimits}}
ratelimit = $acl_c8 / 1h / strict / $acl_c9
Но это ограничение на всех действует.