Выглядит так, что в YouTrack мы решаем многие из описанных задач:
интерфейс на русском языке,
есть возможность создавать отдельные проекты, это, вероятно, близко к понятию отделов/очередей,
настройки статусов очень гибкие и могут отличаться для разных проектов,
шаблоны есть для проектов, в шаблоне могут быть все настройки проекта, доски и рабочие процессы (workflow).
Кроме того, можно создать "якорный" проект и потом при необходимости его клонировать вместе с настройками и задачами.