Дмитрий

sudo apt-get install python3-tk

Слеш перед именем папки, означает, что системе следует искать данную папку в корне, а т.к. вы сейчас находитесь в директории user, в которой и есть папка Downloads, то надо писать:
cd Downloads
или
cd /home/user/Downloads

cd /dow + Tab, вообще ничего не происходит - замените на: cd Dow + Tab

Edit --> Preferences --> Window Management option --> "Reset Saved Window Positions to Default Values" и перезапустить gimp

Можно на питоне такое сделать

import os

folder = '/home/user/project'

for root, dirs, files in os.walk(folder):
    for f in files:
        if f.endswith('.pug'):
            new_file = f.replace('.pug', '.twig')
            os.rename(os.path.join(root, f), os.path.join(root, new_file))

Будет исправленно в 52 версии