Исходя из того, что я понял из того, что мне объяснили в ТП Яндекса (занятный каламбур):
они не сохраняют файл в буквальном смысле. Они создают новый файл с данными из полученного.
И по некоторым слухам дополняют его еще и чем-то своим. Поэтому технически дата изменения не может остаться прежней.
Бесит неистово.
--------------------
upd. На днях пытался переосмыслить это поведение (неизвестно из кой ОС, что если birthtime нет, допустимо ли mtime.. итд..)
Всё же нет. На фоне работы других сервисов не выходит.
Просто для хранения котов и дней рождений это не важно, а полтора гика финансовой погоды не делают.
Потому воз поныне там.