Mysql Workbench (http://www.mysql.com/products/workbench/) можно попробовать, особенно в том случае если нужен sql скрипт для изменения структуры старой бд. Если не нужен, то проще, как и сказал niko83, сделать дампы и сравнить их.
> Error: 2006 — MySQL server has gone away
MySQL не смог отдать весь результат -> проверить максимальный размер пакета и таймаут (ну и гугл в помощь). Да и сам IPB неплохо бы обновить.