Выше товарищ Hint корректно ответил - самый простой способ это дописывать строку в конец файла. Я могу добавить что для этой задачи есть чудесныe модули для nginx, к примеру HttpAdditionModule или HttpEchoModule
Также популярен способ выдачи .msi файла вместо exe. MSI тоже исполняемый под виндой, но в нём зашиты текстовые блоки которые проще изменять "на лету". Но это в любом случае сложней чем первый способ.
Если в вашем экзешнике зашита проверка целостности тогда нужно писать скрипт который будет склеивать некий служебный экзешник (чья задача только в распаковке целевого файла и передаче переменной) с переменной и собственно полезным экзешником. Но это уже и проблемы с некоторыми антивирусами, и посложней в реализации.
Дописывайте строку в конец бинарника, а потом читайте её при запуске. Менять CRC или разбираться в структуре PE файла не требуется.
Грубый пример PHP-скрипта:
header('Content-Type: application/octet-stream');
readfile('file.exe');
echo chr(0) . $_GET['name'];