Отличный плагин для управления товарными предложениями для Woo это
https://ru.wordpress.org/plugins/smart-manager-for... Это если хотите именно вручную управлять.
Если автоматически, то стоит пересмотреть работу вывода товаров, например исключить в цикле выборку товаров с наличием меньше 1. Собственно сам кусок кода с полем есть в представленном Вами варианте
meta_key = '_stock' AND meta_value < 1