1. Как эффективнее хранить эти локализационные массивы: в файлах php и подключать (include_once) определенный файл в зависимости от языка или в json с применением memcache и выбирать нужный?

По моему БД MySQL удобнее всего в данном случае.

2. Как определить системный язык пользователя (причем независимо от операционки)?

Насколько я знаю — никак. Обычно на сайтах какойто язык стоит стандартно, а можно переключится на другие.

3. Возможно есть более эффективный подход?

Если писать с нуля, то эффективнее не знаю, если на Zend Framework, то там специальные классы уже разработаны.

На мой взгляд Swift Mailer лучше. Работа нареканий не вызывает.
Преимущество на мой взгляд одно самое важное: это поддержка плагинов.
Тоесть советую Swift Mailer!

Я бы на wordpress сделал. Очень не плохой вариант.

Нащет забанят ли — не знаю, но если статья интересная: habrahabr.ru/qa/2575/#answer_14106 Обращайся. С кармой помогут. Сам в таком полжении был.

Предлагаю HostCMS(hostcms.ru). Все есть. И 1С и импорт/экспорт в Эксель и многое другое. Можно реализовать все что угодно. Сам пользовался, так что знаю:)