import time
Создаешь машину состояний (словарик) и запоминаешь время когда бот отправил сообщение
users[*id юзера*]=time.time()
после чего
while(True):
if(users[*id юзера*]==time.time()-wait-time): #wait-time - время ожидания
#отправляешь сообщение
del users[*id юзера*]
break