Kuz_NET_sov

Как правильно организовать именование, чтобы не нарушать структуру Git и не получать такие ошибки?

Всегда именовать ветки однообразно и максимально просто и понятно: feature|bug|hotfix/<ID>. Каждая подзадача — всё равно задача и у неё есть свой идентификатор. У вас есть менеджер задач — вот там и отражается вся иерархия задач. Хранить иерархию задач в именовании веток нет никакого смысла — это просто бессмысленная работа. Если очень сильно хочется связывать в истории коммитов иерархию задач — просто дополняйте в комментариях её. Или ещё проще: если у вас менеджер задач внешний — просто добавьте скрипт в таск-менеджер, который при добавлении подзадачи будет в PR основной задачи добавлять ссылку на связанную подзадачу.

а нужна ли вообще вложенность? ветки в git — это просто путь в .git/refs/heads, поэтому feature и feature/new-task разом не уживутся: один должен быть файлом, второй — папкой. GitLab UI тут ни при чём, это ограничение самого git.

Сначала освободи имя: git branch -m feature feature/TASK-123-main — история не теряется, это просто переименование. Дальше не заводи «пустых» веток без суффикса: сразу feature/TASK-123-sub1, feature/TASK-123-sub2 на одном уровне — тогда конфликтов не будет вообще.

Можно переименовать, можно удалить.
В изначальном способе хранения в гите ветка это реальный файл. И соответственно он не может быть одновременно папкой и файлом.

Может придумать какой-нибудь свой способ именования. Например feature/TASK-123.part1