Сам спросил - сам отвечу :)
Ошибка была в модели User. В связях использовался where, а нужно было onCondition. Тогда sql выглядит так:
SELECT COUNT(*) FROM `user` LEFT JOIN `user_property` `propertyName` ON `user`.`id` = `propertyName`.`user_id` AND `propertyName`.`property_id`=1;
