Если я правильно понял задачу, то вам подойдёт набор программ Graphviz.
Они предназначены для автоматической отрисовки графов по описанию.

Создаётся текстовый файл с довольно простым описанием графа: вершины, связи между ними, дополнительные свойства(подписи, форма, цвета). После этого утилита dot строит готовое изображение, формат вывода можно настроить.