Понимаю, что вопрос уже отрастил метровую бороду, но тем не менее, быть может кто-нибудь его случайно нагуглит и мои три копейки помогут:

Есть коммьюнити проект - скрипт для автоматической установки PHP расширений внутри Docker образов.
Сам скачивает зависимости, правильно конфигурирует расширения и подчищает ненужные после установки пакеты, вот:

https://github.com/mlocati/docker-php-extension-in...