Надо сделать так:
1. Установить на сервер nginx
2. Установить certbot
3. На этапе получения сертификатов с использованием certbot надо выбрать опцию - принудительно редиректить все запросы на https.
4. В настройках конфига nginx прописать проксирование всех вызовов на nodejs (см. locations)
Это бест-практис )