Проще отдельной функцией сделать:
function pad(x) {
return x < 10 ? '0' + x : x;
}
и использовать в вашем коде так:
document.getElementById('minute').innerHTML = pad(minute);
document.getElementById('second').innerHTML = pad(second);
А можно воспользоваться
стандартной (но не поддерживается старыми браузерами, если нужна их поддержка, не забудьте добавить полифилл из вышеназванной статьи).
