В исходных требованиях есть одно противоречие - все таски, субтаски и стори не могут быть одновременно взяты в работы. В каждый момент времени человек может заниматься только одной задачей. А учет рабочего времени при взятии задачи в работу, или изменении её статуса делается без всяких плагинов настройкой воркфлоу в Jira.