Klaud111

Освойте уже консоль.
И сделайте через нее.

P.S. В инструкции которую вы привели, половина действий выполняется по SSH.

Вот чтиво по деплойменту flask: flask.pocoo.org/docs/1.0/deploying

Если делать по-человечески, то конечно Celery.

Но если вы не хотите с Celery городить огород и вам главное запустить фукнцию, то вы можете вынести ее в отдельный файл и запустить его через subprocess

Для примера два файла положите их рядом.
run.py

from flask import Flask
import subprocess

app = Flask(__name__)


@app.route("/")
def main():
    subprocess.Popen('python mysleep.py', shell=True, executable='/bin/bash')
    return "Hello"


if __name__ == '__main__':
    app.run(debug=True, host='0.0.0.0')

mysleep.py

import time

time.sleep(10)
print("zzzzzzzzzzzz")

Если каким-то чудом там не оказалось питона по умолчания - ставьте смело. Ничего не случится. И желательно ставить из того репозитория который у вас сейчас подключен по умолчанию, на продуктивных серверах не дают выход в интернет к левым репозиториям и как вы выше выразились - подключение лишних репов - это выходит за рамки ваших обязанностей. Перезагрузки оно не требует.