Не знаю, актуально еще или нет. Первое что нужно проверить это включена ли автоматическая фиксация или нет. Должна быть включена по дефолту.
sqlite3_get_autocommit
Второе, вложенный запрос должен всегда возвращать скалярное выражение (одно значение для каждой строки).
Можно использовать метод Update у sqlliteconnection.
updates
есть пакет в nuget
sqllite-net-pcl ,
ну это совсем на крайняк.
Лучше воспользуйтесь параметризированным запросом и попробуйте разбить ваш запрос на два : select и update.