ммм, вы про "модули" как набор пакетов? Если так, то имеет смысл выносить в отдельный модуль то, что планируется потом реюзать. Допустим какие-то внутренние решения, на базе которых уже строится ваше приложение и т.д.
В больших проектах приложение делят на модули так, что бы над каждым модулем могла трудиться отдельная команда. Как-то так.
Ну а если под модулями имеются в виду юниты или классы, то тут надо читать про SOLID и GRASP.
