Данный метод возвращает только новые сообщения. Если бот уже реагировал на некие отправляемые ему сообщения, то он их уже получил (скорее всего этим же методом) и они помечены сервером Telegram как полученные. Соответственно, при каждом новом запросе они возвращаться уже не будут, иначе вы бы каждый раз получали всю историю сообщений с момента создания бота. В данном случае, у вас есть два варианта:
Вести лог получаемых ботом сообщений и пользоваться им на своё усмотрение.
Поиграться с параметром offset метода getUpdates. Подробнее здесь:
https://core.telegram.org/bots/api#getupdates
Например:
https://api.telegram.org/botXXXXXXXXXX/getUpdates?... 
