Kerogi

В левом нижнем углу галочка «не показывать» не помогает?

Зачем же «левые экзешники»? Вы можете сами скомпилировать простую программку, которая стартует скайп без надоедливого окошка! Ну, или взять уже скомпилированную программу тут.

#include <windows.h>

BOOL RunSkype() {
  STARTUPINFO si;
  PROCESS_INFORMATION pi;
  HKEY key;
  BYTE path[512];
  DWORD size = sizeof(path);
  BOOL result = FALSE;

  if (RegOpenKeyEx(HKEY_CURRENT_USER, "Software\\Skype\\Phone", 0, KEY_READ, &key) == ERROR_SUCCESS) {
    if (RegQueryValueEx(key, "SkypePath", NULL, NULL, path, &size) == ERROR_SUCCESS) {
      ZeroMemory(&si, sizeof(si));
      si.cb = sizeof(si);
      result = CreateProcess(path, NULL, NULL, NULL, FALSE, 0, NULL, NULL, &si, &pi);
    }
    RegCloseKey(key);
  }
  return result;
}

int CALLBACK WinMain(HINSTANCE hInstance, HINSTANCE hPrevInstance, LPSTR lpCmdLine, int nCmdShow) {
  if (RunSkype()) {
    int i;
    for (i = 0; i < 3000; i++) {
      HWND wnd = FindWindow(NULL, "Skype Home");
      if (wnd && IsWindowVisible(wnd)) {
        SendMessage(wnd, WM_CLOSE, 0, 0);
        return 0;
      }
      Sleep(10);
    }
  }
  return 1;
}