Kassandr

урл в студию

Два странных предложения:
1) Так как не описано, как потом получается выйти из этой ситуации (простой перезагрузкой?) то, возможно, дело в порядке загрузочных устройств — при нештатном выключении система пытается грузиться не с того винчестера (он один или больше?), или с какого-то сменного носителя (воткнутая флешка)
2) Еще более безумный вариант: у меня на шифрованном TrueCrypt диске показывается именно такое сообщение в качестве при запросе ввода пароля (полное сообщение Windows «NTLDR is missing or corrupted» просто не помещается в отведенное место). Может, стоит какая-то система шифрования, настроенная на автоматическое монтирование при наличии, например, ключа на флешке, а при нештатном выключении флешка с ключом не может примонтироваться?

Только правильно chkdsk

Скрипт автозамены?
Например bash функция (или в скрипт)

cat > /tmp/filetemp
echo "Конвертированный текст"
sed "s/[старый]/[новый]/g" /tmp/filetemp

Копируем из консоли и все. Хотя все равно придется проверять ручками т.к. всех вероятности замен не перечислить.