Занимаюсь внедрением JIRA в нашей компании, сам инструмент не сложный. Использую последнюю версию 7.3.6, в ней Agile уже встроен, главное понять что Agile доски это лишь отображение информации по этапам процесса т.е. сначала надо сделать процесс для задач, потом просто настроить отображение этапов на каждой колонки доски.
Мы делаем следующим образом Epic - это что-то крупное, некая большая задача которая может растянуться на несколько спринтов, Story это как раз пользовательская история которую пишут Product owner, далее уже для разработчиков создаем task-и, и через link привязываем к Story, для просмотра статуса и фильтров. А Story уже привязан к Epic. В принципе для старта можно использовать базовые настройки, включить Progress на задачах на досках и вести Log work по каждой задаче, также поле Story points надо сделать активным, если оно не отображается.
JIRa достаточно простой инструмент и гибко позволяет создавать новые поля и формы и привязывать их к переходам между состояниями бизнес процесс. Плюс очень много форумов и сайтов.
Я бы посоветовал начать с бизнес процесса который вам нужен, а потом уже от него идти, и по этапно решать возникающие вопросы - новые поля, права доступа, формы, уведомления и т.д.