Как и предполагал, дело в новом syslinux. Со старым работает, а с новым - почему-то нет.
Вернее не с syslinux, а скорее всего с материнкой, которая почему-то новый сислинукс не хочет видеть. А поскольку он включён во все использованные утилиты, и результат не зависит от утилиты.
Короче - хрень какая-то.