Здесь уже больше зависит от твоих потребностей.
Обычно делают два отдельных git репозитория для фронта и бека.
Так ты всегда сможешь отдельно откатывать изменения для них.

Но возможно, так как разработку ведешь один, будет удобнее использовать один репозиторий и для бека и для фронта.
Только я все равно не рекомендовал бы делать коммиты в которых одновременно изменения и для фронта и для бека. Лучше их по максимуму разделять.

Если я правильно понял твои потребности, то тебе не стоит сильно над этим заморачиваться, а просто начать использовать. И со временем придет понимание того, что именно нужно.
Главное не забудь хранить все на чем-то вроде битбакета.

И да, чтобы не делать бекап структуры базы используй миграции, если еще не используешь их.

SELECT users.*, const.name FROM users
LEFT JOIN const ON users.const_id = const.id

Ну и можно не забывать, что полям можно давать свои имена

SELECT users.*, const.name const_name FROM users

Вообще все варианты так себе :)
В мире пхп принят такой стиль

if ($expr1) {
    // if body
} elseif ($expr2) {
    // elseif body
} else {
    // else body;
}

Независимо от количества строк в теле.

Подробнее можно почитать здесь, а конкретно насчет if здесь

Большая часть разработчиков старается придерживаться именно рекомендаций в PSR

Первым делом я бы протестировал на другом сервере, а действительно ли будет забанен ip при большом кол-ве запросов. Такое встречается не так уж и часто.
Подмена user-agent вряд ли поможет.
Остается два варианта - или ограничить частоту запросов (Например 1 в секунду) или через прокси.
Как вариант сделать так - имеем массив с прокси и или достаем информацию через них подключаясь к ним по очереди, или достаем информацию асинхронно, где каждый запрос на отдельном прокси имеет паузу в пару секунд.