Теги ставятся вручную? или автоматически?
На первый взгляд похоже, вопрос про git flow. И например,
тут ответ.
Если мысль своими словами, hotfix должен мержиться и в мастер и в текущую дев-ветку. Соответственно, версию вы поменяете так и тогда, когда вам нужно по порядку версионирования.
