1. Бумага - вещь достаточно тяжелая. Стопка книг создает большое давление на нижние книги, что вызывает деформацию (слипание страниц, отпечатки текста на слипшихся страницах. Вплоть до того, что при попытке разъединить, страницы будут порваны).
2. Горизонтальное хранение позволяет легко извлечь любую книгу и вставить ее назад. Давление у каждой книги свое, вы зря беспокоитесь про корешок - его достаточно, чтобы удержать страницы одной книги.
3. Проще делать полки под горизонтальное хранение, чем под вертикальное.