Здравствуйте!
Чтобы запаковать в exe - launch4j
если у вас приложение использует JavaFX, то там есть возможность создания артефакта exe
Что касается запуска приложения без jre (не знаю, нужно ли jre, если запускать из exe - я пока изучаю java), но встречал такую статью -
https://eax.me/java-without-jvm/
т.е можно запаковать jvm тоже... хотелось бы услышать мнение экспертов