Нашли проблему, всё дело было в антивирусе. За день до миграции был установлен Касперский, первый день всё работало нормально, так как никаких возможных "угроз" антивирус ещё не нашёл. Однако после включения виртуальной машины антивирус начинал проверять запускаемые файлы и маркировал системные файлы Exchange, IISDB.DLL тоже, как бэкдоры и закрывал доступ к ним, вот и миллион записей с ошибкой недоступности IISDB.DLL в событиях. Даже после отключения, удаления антивируса, файлы оставались недоступными. Откатили системный диск до того как был установлен антивирус, базу не трогали, и работоспособность сервера полностью восстановилась.
Всем спасибо за вашу помощь, в дальнейшем планируем внедрить хоть какую нибудь отказоустойчивость.