JDBC - это стандарт доступа к базам данных, JPA - это стандарт персистентности, Hibernate - это реализующий его ORM, Spring Data - это механизм организации репозиториев, а репозиторий - это абстракция, лежащая на уровень выше ORM. То есть Spring Data использует Hibernate, а Hibernate использует JDBC.
