Проблема решена. Дело было не в сессиях, которые сбрасываются при рестарте пулла.
Я ещё удивлялся, как же сессии то связаны с Identity, которая работает чере куки.
Вобщем дело в machine key, который отвечает за валидацию кук и сессий и который генерируется заново, при каждом рестарте пула.
Если прописать его в конфиге, проблема будет решена. Это так или иначе придется сделать если приложение использует несколько серверов.