JDima

При подключении выбрать «public network». Неужели это не помогает?

По умолчанию пользователь и даже гость в Windows 2008 могут создавать папки и файлы в корне C:

Точно ничего не путаете?

просматривать содержимое папки Windows и т.д.

Пусть просматривает. Там ничего особенного нет.

По умолчанию, обычный пользователь может писать только в домашнюю директорию.

Какое-то непонятное ощущение бардака присутствует

Так есть конкретные проблемы, или просто некий зуд в одном месте?

Любые «чистильщики» и «оптимизаторы» — первый шаг к массовым глюкам. Не надо чинить то, что не сломано.
И нет, на современных системах «замусоривание реестра» и наличие ненужных ярлыков не приводит к падению производительности или стабильности. А вот чистка «мусора» запросто может вызвать проблемы.

Главный вопрос: чем отличаются «системные утилиты» от запущенных юзером. Можно предположить, что «системные утилиты» запускаются под другой учеткой. Если у юзера ограниченные права и/или квалификация юзера близка к уровню плинтуса, то можно попробовать копать в сторону локальных файрволов и каким-либо образом сказать «процессы, запущенные под vpupkin, не пущать».