Что делать - решайте сами. Как по мне, пусть консоли остаются, только пользоваться всеми одновременно не нужно.
А зачем нужно большое количество - подумайте сами. Консоль Windows - для простых операций (создать файл, сделать цикл). У nodejs - своя консоль для ошибок, логов; в конце концов, вывод программы куда девать? С git можно работать и через консоль Windows, однако встроенная консоль похожа на Bash и в ней удобнее работать с git.
