Ну зачем люди задают подобные вопросы? Либо ты специалист и сам знаешь какую CMS выбрать, либо поручай специалистам, которые сами примут правильные решения. Бесплатно не бывает вообще никогда. Есть временные затраты, упущенная выгода и т.п. В данном случае случае проект серьезный и делать акцент на бесплатности и самому так дотошно вникать нет смысла. Нужно обратиться к профессионалам в данной области и просто посмотреть глазами обычного пользователя насколько сложно разобраться с простыми повседневными действиями.

Если я правильно понял задачу, то всё просто.
Медицина, Питание, Религия — это первый уровень таксономии, а Лекарственные препараты, Вера, ГМО, это второй уровень. Соответственно цепляя данный словарь к типам материала мы сразу можем размещать данные материалы в этих разделах.
Хотя конечно странно, что обычные пользователи могут создавать подразделы. Может это форум планируется?