Israfil22

Не нужно так хранить данные, это ненормализованная база, лучше переделайте, пока не поздно.
В том числе, продукты должны быть ссылками на иную коллекцию данных. Ваша проблема возникает именно по этой причине.

// api: collection.find{filter, options}
myCollection.find({
	'menu.products': {
		$in: {
			{
				'_id': 60475de5ce4dd6151019d574
			}
		}
	}
}, {
	projection: {
		'menu.products': 1
	}
})

collection.find
Второй аргумент options.projection
Шелл и драйвера это разные вещи