Денис Инешин

Как уже сказали выше, SSD решает. Кроме того, думайте о будущем, учитывайте возможность масштабирования и покупки нового диска.

Дохнут довольно редко, если речь идет небольших системах.
Вот можно посмотреть немного статистики:
habrahabr.ru/post/209894
habrahabr.ru/post/237887

SSD - must have. Читайте обзоры, какой лучше. И обязательно покупайте, ноутбук с обычным HDD, это уже и представить сложно сегодня.
Файловое хранилище имеет смысл вынести на внешний жесткий диск, по USB 3 все достаточно шустро.