Чуть чуть усложните структуру, тогда все будет просто:
var storage = {
id1: {one: 1, two: 2},
id2: {one: 1, two: 2}
}
Теперь забываем про точечную нотацию и передаем названия свойств в виде строк:
var one = storage["id1"]["one"];
Если все же очень хочется в корне держать такие id-объекты, то можно обратится через window:
var one = window["id1"]["one"];