Скорее всего из-за краткой записи
xhr.open('GET','inner.js',true)
запрос уходит по протоколу file:// потому что скорее всего вы открываете сайт с жесткого диска напрямую, а в xhr.open не указываете протокол явно, поэтому он "наследуется" от страницы.
Я советую вам:
1) открывать сайт через локальный сервер. То есть по адресу по типу
localhost:5000 . Для этого может помочь библиотека serve:
https://www.npmjs.com/package/serve
после того как сможете открыть сайт на localhost'e
2) максимально упростите обработку запроса на ноде и код сервера. Например шлите всегда на все "Hello world!"
тогда у вас должно получиться собрать работающий пример с AJAX, затем постепенно наращивайте тот функционал, который вам нужен и тогда сможете поймать конкретную причину почему что-то не работает.
Существенна вероятность того, что вам и не нужно решать эту проблему, а достаточно просто запустить локальный сервер.