Ну так, сходу:
Модификация элементов внутри цикла требует ссылки:
foreach ($array as &$item) {
$item *= 2;
}
Рекурсивное замыкание реализуется ссылкой:
$recursiveClosure = function() use (&$recursiveClosure) {
$recursiveClosure();
};
Передача параметров в функцию по ссылке:
function foo(&$result)
{
$result = 'result';
}
Можно продолжать. Я удивлен, как вы не столкнулись ни с одним из вышеперечисленного за год.