Виталий Инчин ☢

$array = array(
  array(
    'http://www.example.com/index.php',
    'www.example.com/index.php',
    'www.example.com/forum/index.php'
  ),
  array('http://', ""),
  array('www.example.com'),
  array('example.'),
  array('com'),
  array('/index.php', '/forum/index.php')
  );
  
$NewArr = array(2 => $array[2]);
foreach($array as $k => $arr){
    if($k != 2){
        $NewArr[$k] = array();
        foreach($arr as $key => $tag){
            foreach($array[2] as $if){
                if(preg_match("/".preg_quote($if)."/i", $tag)){
                    $NewArr[$k][count($NewArr[$k]) + 1] = $tag;
                    continue 2;
                }
            }
        }
    }
}

print_r($NewArr);

Зачем чудить с substr, если есть регулярка:

preg_match_all("/title>([^<]+)/", где_ищем, $res);
echo $res[0][1];

Окей, раз без регулярки, то

$out = explode("title>", $out);
$out = explode("</", $out[1]);
echo $out[0];

По-хорошему надо грамотно настроить событие в js - чтобы оно проверяло текущую версию/ширину экрана и в зависимости от неё выдавало или не выдавало popup, ну а если что, всегда есть display:none;