Вы же зачем-то решили переместить основной сайт в onion? Вот те же самые причины применимы и к поддомену.
А так, если вы оставите media в интернете, то для доступа к нему будет требоваться использование tor exit ноды, которых мало и они часто бывают перегружены. Поэтому может случиться так, что ваш сайт загрузится быстро, а вот медиа контент медленно и печально. Перенести media в tor стоит хотя бы для избавления от необходимости пересекать границу tor-интернет, тем самым ускорив загрузку.
