Храню всё в тематических папках на Google Drive вместе с книгами. Для статей создаю .txt и озаглавливаю их соответствующим образом. Пару раз в месяц делаю капитальную чистку ненужных файлов, так что пока всё в норме. Evernote в последнее время использую лишь как ежедневник — для подведения итогов и укрепления самодисциплины. Pocket — свалка, мне сразу не понравился.
По поводу книг: когда читаю, параллельно делаю краткие конспекты (только самые важные моменты записываю), сохраняю их в .pdf и кладу в папку с книгой. При этом документ называю именем книги, а в скобках пишу "конспект", так что, если книг в папке будет много, это будет держать их вместе. При повторном обращении к прочитанной книге, заглядываю в конспект — и, как правило, сразу нахожу ответ на свой вопрос. Конспект набираю вручную на клавиатуре. Это хоть и отнимает время, но в тоже время положительно сказывается на эффективности усвоения материала. Ну, по крайней мере у меня (я так свой уровень письменного английского поднял). Могу таким образом одновременно несколько книг прорабатывать.