Фундаментальный труд - Таненбаум - Архитектура компьютера. Чтобы понимать как работает железо.
Куда бы там не бежали архитектуры, понимая основы, всё остальное будет понимать в 100500 раз проще.
Про совместимость компонентов вы из книг не узнаете. По поводу совместимость разъемов - везде "защита от дурака", классический PCI не воткнёте в PCI-E.
