Основная проблема древовидных комментариев — если их становится много, то очень сложно делать вменяемую разбивку оных на страницы. И это хорошо ещё, если сервер мощный и движок грамотно написан, а то зачастую ждёшь 10 секунд, пока страничка сформируется, и столько же, пока загрузится. Если же их разбивать на страницы, то становится трудно следить за обсуждением, которое ведётся в разных ветках. Кто-то решает эту проблему обрезкой веток и подгрузкой оных по клику, но это, мягко говоря, не удобно.
