xfg: все равно по-моему глупо хранить копии сообщения, хотите, чтоб каждый пользователь мог по отдельности удалять сообщения? не вопрос! Добавьте еще одно поле deleted_by_user (int) , удалил один из пользователей - установили там его id, удалил второй пользователь - проверяем пустое ли это поле, если пустое, значит этот все же первый удалил и устанавливаем туда его id, если не пустой, значит сообщение можно полностью удалить .
а если в беседе несколько участников, то вот тогда придется новую таблицу завести, что-то типа
deleted_messages | user_id message_id deleted_at(тоже думаю пригодится)