Если тебе требуется, чтобы события мыши не отслеживались - указываешь pointer-events: none. В частности - у тебя список из 3 элементов с чекбоксами. Напротив чекбокса ссылки. Если чекбокс снимается - навешивается класс disabled и в нем можно прописать:
flex - контейнер придуман для гибкой верстки, он не предусматривает статику.
1. Ты можешь подогнать размеры контейнеров внутри по размеру так, чтобы было именно такое расположение.
2. Ты можешь выделить каждую колонку в отдельный контейнер и разместить элементы так, как тебе будет удобно(к примеру div)