IPv4

А что не работает конкретно? Поддомен не пингуется или что?
А какие NS серверы у домена прописаны? Если используется сторонний DNS сервер, то нужно для поддомена прописать А запись в зоне.

1) Создаем А запись для поддомена ns1 с указанием первого IP.
В настройках доменной зоны указываем в качестве одного из NS серверов адрес ns1.ваш_домен.ru
2) Ищем какой нибудь бесплатный secondary dns. Я использую ns2.trifle.net.
Там создаем "мастера" и указываем имя домена и IP мастер-сервера(первого NS).
3) В настройках доменной зоны указываем в качестве второго NS сервера адрес secondary dns(Скорее всего, это будет ns2.trifle.net).
Все. Теперь на слейв(секондери днс) будет парсится зона с мастер-сервера.
4) Создаем А запись для поддомена ns2 указав IP secondary dns сервера.
Все. Теперь, чтобы привязать доменное имя к Вашему серверу, нужно указывать Ваши 2 NS сервера.
Все будет работать.

Первый NS сервер вешаете на Ваш сервер, второй на каком нибудь бесплатном secondary dns.
У домена прописываете эти DNS и добавляете домен в ISPManager 5.
Эти же NS серверы указываются у следующих доменов.
Не совсем верный способ, но работает корректно и без ошибок.