Webpack - это система сборки с массой возможностей. В частности, он анализирует JS-код (а также CSS или другой, через лоадеры), это даёт ему superpowers.
Gulp/grunt - это общая система для организации задач, которая сама по себе сборку не поддерживает, но её можно на ней написать, с помощью плагинов. При этом анализа кода, скорее всего, не будет, а значит ряд продвинутых фич отпадут.
То есть, это две разные вещи. В качестве одной из задач на gulp/grunt вполне может быть сборка webpack, так обычно и делают.
Простую сборку вполне можно написать и на gulp/grunt напрямую. А если посложнее или просто хочется иметь задел "на будущее", то можно воспользоваться специальным инструментом (Webpack).
P.S. У меня когда-то были и gulp task'и сборщики и browserify, но уже давно их место плотненько занял Webpack.
